Khi ở Caltech, ông đã tham gia nghiên cứu bộ gen của virus Sindbis và thành lập các flavivirus như một họ virus của riêng chúng. Chủng virus sốt vàng mà ông sử dụng cho công việc này cuối cùng đã được dùng để phát triển vắc xin sốt vàng. Trong khi khám phá virus Sindbis, Rice đã mô tả cách ông tạo ra flavivirus RNA trong phòng thí nghiệm đăng trên một bài báo năm 1989 của tạp chí The New Biologist. Bài báo đã thu hút sự chú ý của Stephen Feinstone, người đang nghiên cứu về virus viêm gan C và gợi ý rằng Rice sử dụng kỹ thuật này để phát triển một loại vắc xin phòng bệnh viêm gan C. Năm 1997, Rice đã nuôi cấy bản sao truyền nhiễm đầu tiên của vi rút viêm gan C để sử dụng trong các nghiên cứu trên cơ thể tinh tinh, loài vi rút này cũng là loài bệnh địa phương. Năm 2005, Rice là thành viên của một nhóm nghiên cứu đã chứng minh một chủng virus thuộc dạng cấp tính được xác định trên bệnh nhân người có khả năng tái tạo trong môi trường phòng thí nghiệm. Đóng góp của Rice trong việc nghiên cứu bệnh viêm gan C đã mang lại cho ông nhiều giải thưởng.[2]